小畑城跡は、東西に流れる伊路屋川に向かって北から南に延びる丘陵の頂部に位置します。
城は標高103mの小高い丘陵地を利用しています。 城跡は、尾根の北側に堀切を設け、その南側を城域としています。
城域の最高所に位置する主郭は、長さ約50ｍ、幅約20ｍの広さをもち、北辺には土塁を設けています。土塁の北側には堀切を配し、その北側にはさらに土塁状の高まりがあり、その先は自然地形を利用した深い堀切となっています。
主郭の南辺にも土塁状の高まりがあり、高まりの北端から南側の曲輪へ続く道が接続し、さらに山麓へつづら折れの道が繋がっています。
主郭の南側には何段かの平坦面が作られていますが、その一つに稲荷神社が祀られています。南西側の山麓からこの神社への参道が現在の登山道となっています。
小畑城の城主は、『丹波志』等の資料に戦国時代後期にこの地域の領主となった波々伯部氏と伝えられています。
城跡の整備は、地元の方々が、企業や府立林業大学校と一緒に、モデルフォレスト事業で植樹や環境整備に努めています。